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馬鈴薯種薯在貯藏期間對溫度、濕度要求很嚴格，它既不耐寒，又怕高溫，如果貯藏不當容易受凍或發芽，影響種用價值。從總體上說，應掌握三個環節。
貯藏溫度是馬鈴薯塊莖貯藏質量的最重要條件。塊莖與其環境總是處在熱力平衡中，據多年貯藏經驗，薯堆內的溫度與周圍空氣溫度之差是薯堆高度的1.8倍。為使堆內溫度不至于過高，通常要求堆高不超過2米，一般以窖高的1/2最為合適。這樣可以保證良好的空氣對流和塊莖的正常呼吸。
及時調節堆溫是貯藏的關鍵。貯藏初期溫度保持在15~20℃，經過傷口愈合以后應使窖溫降到這個適宜溫度。整個貯藏期的溫度保持在2~3℃，因為這個貯溫可以使種薯具有更強的生活力。剛入窖時正值外界氣溫高，塊莖尚處于淺休眠狀態，薯皮尚未完全木栓化，傷口沒有：吸強度大，放出熱量多，薯堆溫度高，濕度大。因此該期應加強空氣流通，防止薯堆過熱。而在立春前后，塊莖正處在深休眠狀態，呼吸弱，放出熱量少，外界溫度低，所以該期應防止外面冷空氣進入窖內，避免塊莖受凍。開春以后氣溫迅速升高，此時應防止外界熱空氣進人，避免塊莖發芽，降低種用價值。
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濕度 剛收獲的種薯濕度大，通過薯皮的滲透和蒸發，薯堆內水汽量較高。初期在溫度高、濕度大的情況下，需要加強空氣對流，以降低堆內溫濕度。但當進入嚴冬季節后，窖溫逐漸下降，此時窖門氣眼應全部封閉，這樣窖內的水汽量才能基本保持恒定。在北方窖藏的深冬季節，常常會在薯堆上層塊莖附著一層小水珠，即百姓所謂的“出汗”。這是因為薯堆內濕度較高，含水量較大的空氣逸出薯堆。與薯堆表面冷空氣相遇，使多余水汽凝結的結果。因此，最好在薯堆上覆蓋一定厚度的草或其他秸稈。使堆頂部的塊莖較溫暖，不致使堆頂塊莖上凝水造成濕度過大而引起腐爛，而且覆蓋物還可以接受窖頂融化的霜水。窖藏期間濕度以80％~90％為最合適。 3 空氣 氧和二氧化碳的濃度在塊莖貯藏期間，呼吸強度大，需氧多，放出的二氧化碳也多。在通氣良好的情況下空氣可進入薯堆，進行良好的氣體交換，不會引起缺氧和二氧化碳的積累。但如果通氣不良，就會引起組織窒息而產生“黑心”，二氧化碳過多還會影響種薯活力，造成發芽率降低，而且塊莖在貯藏期間還會產生一種抑制發芽的揮發物。因此，進行氣體交換，加強通風管理也是重要環節。
